FAIR data: componenti chiave e procedure

Presentazione nell'ambito del Workshop "Open Science and FAIR Data for Neuroscience, Dipartimento di Neuroscienze, Università di Torino, Italia, 6-7-9-15 giugno 2022, Focus on Neuroscience and Neuroimaging, Computational Phenotyping ("phenomics"), Rare Diseases". I dati stanno acquistando ogni giorno sempre più importanza. Diventa centrale in questo contesto una corretta gestione e condivisione del dato e delle procedure adottate, ai fini del riuso, dell’interoperabilità e riproducibilità dell’esperimento (FAIR). Vedremo i componenti chiave di questo processo: dati, metadati, dataset, standard e procedure insieme ad alcuni esempi di utilizzo su Repositories online. Nella versione V1.1 sono stati introdotti alcuni concetti relativi a alla definizione di "Identificatore" e "DOI"

Human Protein Cluster Analysis Using Amino Acid Frequencies

The paper focuses on the development of a software tool for protein clustering according to their amino acid content. All known human proteins were clustered according to the relative frequencies of their amino acids starting from the UniProtKB/Swiss-Prot reference database and making use of hierarchical cluster analysis. RESULTS were compared to those based on sequence similarities.Proteins display different clustering patterns according to type. Many extracellular proteins with highly specific and repetitive sequences (keratins, collagens etc.) cluster clearly confirming the accuracy of the clustering method. In our case clustering by sequence and amino acid content overlaps. Proteins with a more complex structure with multiple domains (catalytic, extracellular, transmembrane etc.), even if classified very similar according to sequence similarity and function (aquaporins, cadherins, steroid 5-alpha reductase etc.) showed different clustering according to amino acid content. Availability of essential amino acids according to local conditions (starvation, low or high oxygen, cell cycle phase etc.) may be a limiting factor in protein synthesis, whatever the mRNA level. This type of protein clustering may therefore prove a valuable tool in identifying so far unknown metabolic connections and constraints

A Novel Block-based Watermarking Scheme Using the SVD Transform

In this paper, a block-based watermarking scheme based on the Singular Value Decomposition (SVD) is proposed. Our watermark, a pseudo-random Gaussian sequence, is embedded by modifying the angles formed by the right singular vectors of each block of the original image. The orthogonality property of the right singular vector matrix is preserved during the embedding process. Several experiments have been carried out to test the performance of the proposed scheme against different attack scenarios. We conclude that the proposed scheme is resistant against common signal processing operations and attacks, while it preserves the quality of the original image

Open Science and Open Access Scientific Publishing: an essential combination. An analysis of the first 4 years of JBP activity

In July 2017, the Journal of Biomedical Practitioner (JBP) starts publications with its first number. Since its debut JBP would offer itself as a meeting place to health professionals, free to all and Open Access, without prejudices for experience exchanging between people that work in Biomedical Sciences with various purposes from welfare, diagnostic-therapeutic, rehabilitation and prevention, to the fields of basic and clinical research. JBP it’s a six-monthly publication, with double-blind peer review, written in Italian and English language. This editorial aims to analyze in deep the journal path in these 4 years, reporting the poster contents shown at 2° Congresso Nazionale della Federazione Nazionale Ordini dei Tecnici Sanitari Radiologia Medica e delle Professioni Sanitarie Tecniche, della Riabilitazione e della Prevenzione (FNO TSRM e PSTRP) that took place in Rimini on 19-21 november 2021. The improvement of quality standards offered will be highlighted, noting the fundamental role of the contribution of the auditors. The metadata analysis on the OJS/PKP platform, which is used by the journal and in turn it’s hosted by Sistema di Riviste Open Access (SIRIO@Unito) of the University of Turin, shows much interesting information about the article submitted: we received 90 article proposals and the 57% was published, of which the 16% was written in the two languages. The mean time needed was 62 days for the revision process and 110 days to get the article published. In each year were published a mean of 13 papers and 60% of them were written by authors from different professional areas. The fast access to the contents and the indexing of JPB on the main directories of Open Access Journals are the best reasons to choose this journal for publishing in the Biomedical Science areas

Open Science ed editoria scientifica Open Access: un binomio ormai inderogabile. Analisi dei primi 4 anni di attività di JBP

Nel luglio 2017 nasce il Journal of Biomedical Practitioner (JBP) con la pubblicazione del primo fascicolo.  Fin dal suo esordio il JBP vuole offrire ai professionisti della salute un “luogo di incontro” Open Access libero e senza pregiudizi per lo scambio di esperienze tra coloro che si occupano di Scienze Biomediche con finalità assistenziali, diagnostico-terapeutiche, riabilitative e di prevenzione, negli ambiti della ricerca di base e clinico. Si tratta di una rivista con pubblicazione semestrale, con revisione tra pari in doppio cieco, in lingua italiana ed inglese. Questo editoriale approfondisce il percorso della rivista JBP riportando i contenuti del poster presentato al 2° Congresso Nazionale della Federazione Nazionale Ordini dei Tecnici Sanitari Radiologia Medica e delle Professioni Sanitarie Tecniche, della Riabilitazione e della Prevenzione (FNO TSRM e PSTRP) svoltosi a Rimini dal 19-21 novembre 2021.  Si evidenzia il miglioramento degli standard qualitativi offerti, rilevando il ruolo fondamentale del contributo dei revisori. L’analisi dei metadati ed il work flow presenti sulla piattaforma OJS/PKP utilizzata dalla rivista e ospitata dal Sistema di Riviste Open Access (SIRIO@Unito) dell’Università di Torino, ha consentito di estrarre dati relativi alle proposte editoriali inviati a JBP: delle 90 proposte pervenute è stato pubblicato il 57%, di cui il 16% in doppia lingua (italiano e inglese). Il tempo medio necessario è risultato essere di 62 giorni per la revisione e 110 giorni per la pubblicazione. Sono stati pubblicati in media 13 articoli all’anno, e il 60% di questi lavori accreditava autori appartenenti a professioni diverse.  L’accesso immediato e l’indicizzazione di JBP sulle principali banche dati Open Access lo candida come mezzo preferenziale per la pubblicazione di prodotti della Ricerca nell’ambito delle Scienze Biomediche